İstanbul'un Eyüp semtinde doğdu. Uşşakizadeler diye anılan ve bir kolu İzmir'e yerleşerek halı ticaretiyle uğraşan Uşaklı Helvacızadeler ailesine mensuptur. Babası halı tüccarı Halil Efendi, Uşak'tan İzmir'e göçmüş varlıklı bir ailedendi. Halid Ziya, o sırada İstanbul'a yerleşmiş olan Halil Efendi ile Behiye Hanım'ın üçüncü çocuğu olarak dünyaya geldi.

Mahalle mektebindeki ilk eğitiminin ardından Fatih Askeri Rüştiyesi'ne devam etti. 93 Harbi'nin başlaması ile Halil Efendi'nin işleri bozulunca aile, İzmir'e yerleşti ve Halit Ziya öğrenimini İzmir Rüştiyesi'nde sürdürdü. Ardından İzmir'de Ermeni Katolik rahiplerinin çocukları için kurulmuş yatılı bir okula devam ederek Fransızcasını geliştirdi; Fransız edebiyatını yakından tanıdı. Fransızca çeviri denemeleri yaptıktan sonra henüz öğrenci iken ilk yazılarını yayımlamaya başladı. Önce İzmir çevresinde kendini tanıttı. Bazı edebi yazılarını İstanbul'da Hazine-i Evrak adlı önemli bir dergide Mehmet Halid adıyla yayımladı.